委員長、副委員長、書記、委員、会計、事務局と各担当委員長をメンバーに年間約６回の運営委員会を持っています。総会の準備・運営、各部からの報告、そしてその時々に必要な協議を行っています。特に重要課題は、委員会において十分協議した上で、年に一回４月にもたれる総会へと提案され、協議されます。

 キリスト教界などの反対にもかかわらず制定された「建国記念の日」が1967年2月11日に実施されました。これは戦前の「紀元節」の復活であり「信教の自由」の侵害につながると危惧する札幌市内のキリスト教会が教派を超えて集まり、札幌キリスト教連合会の結成につながりました。
「信教の自由を守る委員会」は、現在まで「信教の自由を守る2・11札幌集会」を継続して開催しています。また、やがて「8・15平和祈祷会」をも開催するようになりました。このほか、「信教の自由」「政教分離」「靖国神社問題」などにかかわる問題へのとりくみを進めています。またこうした課題にとりくむ、他のキリスト教活動団体とも協力しています。

牧師会では、2006年度より年に二度のペースで「礼拝について考える会」を実施、2010年度からはそのうち一回をキリスト教各種団体による「講演会」を実施し、教派を超えての交わりをはかってきました。残念ながら現在はどちらの活動も休止中ですが、今後、その名の通り、連合会の牧師が教派を超えて交わり、協力関係を築けるような集会を計画中です。 

この委員会は、札幌キリスト教連合会唯一の在日外国人の教会である在日大韓基督教会札幌教会との交流を深めるために、1982年に設置されました。在日外国人に対して多くの差別や偏見が日本社会にある中で、誰にとっても暮らしやすい社会をめざして、和解と共生の福音を伝えていきたいと願っています。
2008年、「在日韓国・朝鮮人との共生をめざす委員会」に名称変更いたしました（旧「在日韓国人問題委員会」）。